本教材由绪论、细菌学、病毒学、真菌学、人体微生物群和附录六部分组成，共计39章。其中，绪论主要围绕医学微生物的基本概念、医学微生物学学科研究范畴以及医学微生物学发展简史进行介绍。细菌学、病毒学、真菌学和人体微生物群四部分单独成篇。每一篇又分为总论和各论。总论内容主要包括对应微生物的形态结构，生长繁殖，遗传变异等生物学性状，病原微生物和宿主机体的相互关系以及特异性诊断和防治措施等方面的共同特点和原则，各论则具体介绍了与临床感染性疾病密切相关的各种病原微生物及微生物群上述各方面的特点。附录则包括对重要病原微生物的归纳、基于器官系统的病原微生物总结及病原微生物实验室生物安全。